Phantom Hourglass se establece varios meses después de los acontecimientos deThe Wind Waker. El juego comienza con un recuento de los acontecimientos de The Wind Waker, después de esto aparece una animación en donde de ve que Tetra salta al Barco Fantasma. Entonces se oye un grito y Link decide saltar para rescatarla, pero se resbala y se cae en el agua. Después de tener una visión de Tetra estar rodeada por la oscuridad y pidiendo su ayuda, Link se despierta en una playa, allí se encuentra con un hada llamada Ciela, entonces Ciela lleva a Link para ver a su "abuelo", un anciano llamado Siwan. Entonces Ciela le da a Link una espada. Link viaja al otro lado de la isla y se encuentra con Linebeck en el Templo del Rey del Mar.
Link tiene la tarea de recuperar los espíritus que son: el del Poder, el de la Sabiduría y el del Valor. Estos espíritus, que resultan ser hadas, lo ayudan en el Templo del Rey del Mar. Allí recibe un reloj de arena que llamado Reloj Espectral. Después de derrotar al jefe del Templo del Valor, el hada del Valor es guardado, pero a diferencia de los otros dos, no tiene color y sin vida.Siwan llega a la isla y fusiona a Ciela con el hada incoloro, dando como resultado a que Ciela es el espíritu del valor.
Con la ayuda de los espíritus y de Linebeck, Link empieza a buscar el Barco Fantasma. Después de salvar y de derrotar a Hermanas Diabólicas Cubus en el barco,Link encuentra a Tetra, sin embargo, había sido convertido en piedra. El viejo Siwan revela a Link de que él es el Rey del Mar. Según él, algunos años antes de los acontecimientos del juego, un monstruo llamado Bellum apareció, un monstruo que consumía la fuerza vital que poseen todos los seres vivos. Él utilizó esta fuerza absorbida para crear monstruos poderosos, como los jefes de las mazmorras y el Barco Fantasma, y los usó para sellar a las tres hadas de poder, sabiduría y valor. Ciela, el hada del Valor, fue capaz de crear un clon de sí misma y huyó, pero como resultado, perdió la memoria. El Rey del Mar trató de luchar contra Bellum, pero no con su verdadero yo aún cerrado por su mal.
Link se entera de que para derrotar a Bellum tiene que tener la Espada del Más Alláque se forja con los tres "Metales Puros". Sin embargo, Linebeck no está dispuesto a ayudar más, ya que no hay tesoro en el barco fantasma. El Rey del Mar ofrece a Linebeck un deseo si sigue ayudando a Link. Linebeck inmediatamente de acuerdo, y el trío se puso en marcha. Después de recoger los materiales y forjar la espada Phantom, Link desciende al nivel inferior del templo, y después de una batalla feroz, parece haber matado a la bestia. Tetra es despetrificada, pero al igual que el grupo es de celebrar su victoria, Bellum re-emerge de las profundidades del océano y toma de Tetra de nuevo, que posee el Barco Fantasma mientras lo hace. En la batalla entre el S.S. Linebeck y el buque fantasma, se pierde buque de Linebeck. Además, son capturados Link y Tetra. Linebeck entonces de mala gana toma la espada Phantom temblando de miedo y, sacrificando su propia libertad, es capaz de enlace gratuito y Tetra. Él es capaz de dar rápidamente Vincular la espada antes de Phantom Bellum posee Linebeck. Vincular las batallas de la Bellumbeck, y se las arregla para sacar el espíritu maligno de su cuerpo. Bellum es entonces derrotado una vez más, esta vez, para siempre.
En la aventura se cierra, la arena de la Phantom Hourglass se libera de nuevo en el mar. Oshus, ahora en su verdadera forma de una ballena blanca, se prepara para partir con los espíritus, mientras que Linebeck, sorprendiendo a todos, no desea por el tesoro, sino para su barco. El rey del Mar revela que no están en su propio mundo, pero que hayan sido transportados a la su mundo, cuando abordaron el barco fantasma en el principio. Después de todo el mundo dice que su despedida, Link y Tetra se encuentran de vuelta en el barco pirata. Parece que en tan sólo diez minutos han pasado desde Tetra saltó a bordo del barco fantasma. El resto de la tripulación no decir nada demasiado malo que había pasado y que insisten en que todos los de su aventura había sido un sueño. Sin embargo, Link todavía posee el ahora Hourglass vacío, y los espías buque Linebeck en el horizonte, sabiendo muy bien que su aventura fue real.
Los piratas finalmente descubrir la nueva tierra que estaban buscando, a partir de la historia de The Legend of Zelda: Spirit Tracks.
>POR COLOCAR<
