De acuerdo con el prólogo del juego, la tierra de Hyrule fue atacada una vez por un mago,conocido como Vaati. Este secuestró a las doncellas.Vaati entonces llevó las doncellas capturadas a su palacio. Una serie de héroes intentaron derrotar a Vaati para salvar a las doncellas, pero todos ellos fracasaron, hasta que un joven apareció en los profundos bosques de Hyrule, y puso fin al reinado de Vaati.Cuando el pueblo de Hyrule preguntó cómo el niño llegó a derrotar a el poderoso mago,Vaati, las doncellas les informaron de su espada maldita, lo que le permitió dividir en cuatro, y sus poderes combinados, que fueron capaces de derrotar a Vaati y sellarlo dentro de la hoja Aunque la gente no creía su historia, sin embargo, estaban intrigados por ella, y la espada del muchacho se hizo conocida como la "La Espada Cuádruple". Como la leyenda de la espada y sus habilidades creció, la gente construyó un santuario para protegerla.
Al inicio del juego, la princesa Zelda dice que ha sentido una perturbación en el sello colocado en la Espada Cuádruple , y viaja con su amigo,Link,al Santuario donde se encuentra la Espada Cuádruple para investigar. Zelda se acerca a la Espada Cuádruple , sin embargo, la espada se inclina fuera de su pedestal, y la habitación se ve envuelta en oscuridad. Vaati, cuyo sello había sido roto, de hecho, poco antes de su llegada, a continuación, se revela a sí mismo y se fuga con prontitud con la princesa a su palacio, pensando en convertirla en su novia. Antes de partir, Vaati deja inconsciente a Link . Cuando Link vuelve en sí, tres hadas que aparecen ante él. Ellas sacan la espada hacia fuera de su pedestal, al hacerlo, Link se divide en cuatro copias de sí mismo, indistinguibles unos de otros, aparte de el color de su ropa.Con el fin de tener acceso a el Palacio de Vaati, los cuatro Link deben buscar tres Grandes Hadas, al demostrar su valor para las Hadas Grandes mediante la recopilación de rupias repartidos por todo Hyrule, se les otorgará las tres llaves de plata necesarias para entrar en el palacio de Vaati. Una vez obtenidas las llaves de plata, los cuatro Link(mas bien,Link y sus clones)logran acceder a el Palacio de Vaati, en el que se enfrentan a Vaati . Finalmente, Vaati se debilita hasta el punto donde se sella el interior de la espada cuádruple, una vez más. Con la princesa liberada de su cautiverio, "los cuatro" Link regresan la Espada Cuádruple de su pedestal.
