Los tiempos de paz en Hyrule se hallaban cerca de su fin. Un oscuro mago, Agahnim, había tomado el castillo e iba haciendo desaparecer una a una a las descendientes de los 7 sabios de Hyrule, con desconocidos y oscuros motivos.
La historia comienza con un mensaje de socorro telepático dirigido a nuestro protagonista, Link, y a su tío, de la princesa Zelda. El tío se equipa con su espada y escudo y decide partir a la llamada, no sin antes ordenarle a Link que no saliese de la casa bajo ningún concepto. Pero este decide no hacerle caso y dirigirse al castillo para ver qué era lo que pasaba.
Una vez Link consigue adentrarse en el castillo, lo primero con lo que se encuentra es a su tío moribundo, el cual le confía la misión de rescatar a la princesa. Link encuentra a esta en las mazmorras del sótano, y una vez liberada la lleva por un pasadizo secreto al Santuario, donde el sacerdote nos indica que para detener a Agahnim es imprescindible la legendaria Espada Maestra, la única que puede romper la barrera que protege su escondite. Para poderla reclamar de su pedestal, Link debe mostrarse digno de ella poseyendo los colgantes del Poder, la Sabiduría y el Valor: los tres valores que caracterizan a las Diosas (Din, Farore y Nayru, respectivamente). Así, nuestro protagonista parte en la búsqueda de los colgantes, dejando a la princesa bajo el cuidado del sacerdote y con la única pista de que uno de los antiguos sabios vive en el pueblo Kakariko.
Pero el sabio Sahasrahla había huído ante el peligro que corría por su condición de sabio. Después de localizarle, éste nos indica el paradero de los colgantes, situados en tres mazmorras, y de la Espada Maestra, perdida en las profundidades de Lost Woods.
Después de conseguir los tres colgantes, y haber reclamado la Espada Maestra, Link se hallaba preparado para hacer frente al malvado mago. Adentrándose en la torre del castillo, eludió todas las protecciones y se enfrentó a Agahnim en singular combate en lo más alto de la torre. El mago, que declaró ser enviado de Ganon para liberarle, ante la derrota que sufrió por Link, evoca un conjuro que manda al joven al Dark World.
Afortunadamente, durante la búsqueda del colgante del Poder Link recibió por un lado un espejo (el Magic Mirror), que le permitía regresar al Light World cuando quisiera, y por el otro lado había encontrado una perla que le permitía mantener su forma original en este mundo de oscuridad. Ahora que Link sabía que el espíritu de las hijas de los sabios se encontraban perdidos en Dark World, era hora de continuar la búsqueda en la copia corrupta de Hyrule.
