Después de derrotar a Ganon en The Legend of Zelda: A Link to the Past, Link viaja a otras tierras en busca de aventuras y experiencia. Una noche, en su viaje en balsa de vuelta a Hyrule, una tormenta hace naufragar a Link. Link, inconsciente, llega a la Isla Koholint, donde es encontrado en las Costas de Toronbo por Marín, que lo lleva a su casa. Link despierta en casa de Marín y su padre Tarín, que le devuelve a Link su escudo. DE vuelta a la costa, Link recupera su espada, y cuando un Búho le avisa de que para salir de la isla, debe despertar al Pez Viento, que duerme en su huevo en lo alto del Monte Tamaranch, Link partirá en busca de los ocho Instrumentos de las Sirenas, cada cual de los cuales está oculto en una mazmorra. Pero las Pesadillas, unos seres que quieren dominar la isla, hacen todo lo posible por impedir que Link despierte al Pez Viento. Pero pese a todas las adversidades, Link vence a todas las Pesadillas y recupera los Instrumentos de las Sirenas.
A lo largo de su aventura, Link aparentemente se enamora de Marín, quien le enseña a tocar la Balada del Pez Viento con su Ocarina. Si embargo, Link descubre la verdad sobre la isla Koholint en el Templo Rostro. Allí, un mural explica que en verdad la isla Koholint en tan solo un sueño del Pez Viento y que si Link despierta al Pez Viento la isla será destruida, junto a todos sus habitantes. Después de haber conseguido todos los Instrumentos de las Sirenas, Link toca la canción que le enseñó Marín en la cima del Monte Tamaranch frente al huevo del Pez Viento, abriendo así una puerta por la que podrá entrar al huevo.
Dentro del huevo del Pez Viento, Link encontará a Pesadilla, el líder de las Pesadillas. Para enfrentarse a Link, Pesadilla tomará la forma de varios de los enemigos a los que Link se ha enfrentado en su vida, incluido Ganon. Cuando Link consigue finalmente vencer a Pesadilla, Link vuelve a tocar la Balada del Pez Viento, despertando al Pez Viento. Éste, protegerá a Link mientras la isla desaparece, y le contará que aunque la isla desaparezca no debe entristecerse pues siempre seguirá existiendo en sus recuerdos. Entonces Link despierta en medio del océano, sin saber muy bien si todo lo sucedido ha sido solo un sueño. Entonces Link mira al cielo y ve al Pez Viento, confirmando que ha sido todo real.
Si el juego es completado sin que Link haya muerto ni una sola vez, en el final se verá que Marín ha conseguido transforme en una gaviota, como era su sueño.
