Majora's Mask empieza con Link partiendo hacia una aventura personal e íntima, tras haber derrotado a Ganondorf y haber rescatado a la princesa y los Sabios de Hyrule en Ocarina of Time. La introducción del juego comenta que dicha aventura es en busca de un amigo. El manual de instrucciones de The Legend of Zelda: Collector's Edition deja claro que dicho amigo es Navi, el hada que acompañó a Link en Ocarina of Time.
Mientras cabalgaba a lomos de Epona en el Bosque Perdido, Link es sorprendido por Skull Kid, quien está poseído por la Máscara de Majora, y está acompañado por Taya y Tael, dos hadas semejantes a Navi. Gracias a las hadas, Skull Kid logra dejar inconsciente a Link, que cae al suelo, y aprovecha para robarle
Added by TavinHackers
objetos personales, entre ellos la Ocarina del Tiempo. Link se despierta de su estado de inconsciencia, e intenta capturar a Skull Kid. Pero éste logra montarse en Epona, y salir cabalgando de la zona. Link se agarra a la montura de Epona, pero es arrastrado por el suelo, y cae del caballo.
Link persigue a Skull Kid, y en su persecución cae por un túnel a una habitación situada al final. Skull Kid, que lo estaba esperando, usa el poder de la Máscara de Majora para transformarle en un Deku, y sale de la sala a través de una puerta. Taya, que estaba distrayendo a Link, no logra pasar a tiempo por la puerta, y ésta se cierra. Sin posibilidad de poder abrirla, no le queda más remedio que unirse y colaborar con Link para buscar a skull kid y saber mas sobre el.
Link cruza una serie de habitaciones, hasta llegar a la misteriosa Torre del Reloj, encontrándose con el Dueño de la Máscara Feliz. El Dueño, que sabe la historia de Skull Kid y lo que éste ha hecho a Link, le intentará ayudar si Link obtiene lo que Skull Kid le robó (la Ocarina del Tiempo), a cambio que Link le recupere lo que Skull Kid le robó al Dueño (la Máscara de Majora). Sin embargo, el Dueño le pone un tiempo límite a Link para recuperar todo lo que Skull Kid robó (tres días), ya que le comenta que después de ese plazo, tiene que partir de Termina.
Pronto, Link descubre que la razón por la que el Dueño tiene que irse es por la caída inminente de la Luna sobre el mundo de Termina, provocado por Skull Kid gracias a la Máscara de Majora.
Link incapaz de vencer a Skull Kid con su apariencia es incitado por Taya a ver a la Gran Hada, quien le da
todas las mascaras
Added by Itxaso5
una misión de encontrar un hada perdida, Link al encontrarla se le otorga el poder de disparar burbujas. Luego de esto Link juega con los Bomber quienes le dan una clave para entrar a la casa del hombre del observatorio donde link ve a Skull Kid burlándose en la torre reloj y cae una lagrima de luna, tras recogerla, Link sale del observatorio y compra la flor del deku cerca de la torre reloj, así espera hasta la media noche del ultimo dia donde la puerta superior de la torre se abre y enfrenta a Skull Kid, tras dispararle una burbuja cae la ocarina del tiempo. Link recuerda como tocar la canción del tiempo y vuelve al primer día.
Link corre a ver al Dueño de la Máscara Feliz que parece recordar todo y tras ver que Link recuperó su ocarina, le enseña la Cancion de Curación por lo cual Link deja su apariencia Deku en una Máscara, pero el Dueño furioso ordena recuperar su mascara, Link nuevamente se enfrenta a empezar nuevamente, pero ahora con su forma normal puede ir fuera de la ciudad.
Para evitar la caída de la Luna Link tiene que despertar a Los Cuatro Gigantes, que están en sus respectivos templos alrededor de todo Termina, conforme los va despertando va salvando y devolviendo a la normalidad los lugares afectados por los poderes de Skull Kid.
