Este juego se sitúa cronológicamente en la saga entre Skyward Sword y Four Swords .
El argumento se basa en la historia contada por el anterior en lanzamiento, pero posterior en cronología, Four Swords, donde el malvado Vaati sutituye a Ganon como enemigo final, y la Espada Cuádruple sustituye la Espada Maestra.
La historia comienza con el Festival Minish de Hyrule, en el que tras una serie de acontecimientos, Vaati petrifica a Zelda y libera el mal sellado por la Espada Minish. Tras eso, Link es elegido como el mejor candidato para buscar los 4 elementos, devolver el poder a la Espada Minish, convirtiéndose en la Espada Cuádruple y derrotar a Vaati. Para lograr su objetivo, Link deberá encontrar a los Minish, una comunidad de diminutos seres que habitan en Hyrule, y que solo pueden ver los puros de corazón, para que le ayuden a restaurar la espada rota. Durante su viaje encontrará a Ezero, un minish convertido en gorro por Vaati, que le permitirá a Link reducirse al tamaño de un minish. Más tarde, Ezero revela que Vaati era un minish alumno suyo (el mejor de todos), pero que su corazón oscuro le corrompió hasta el punto de robar el gorro de los deseos para convertirse en un poderoso brujo. Una vez restaurada la espada cuádruple, Link enfrenta a Vaati y le vence, y para recuperar todo el reino de los daños que ha causado Vaati , Ezero entrega a Zelda el Gorro Minish.
