Los hechos además ya no ocurren en el Gran Mar, sino que en el Nuevo Hyrule , ya que en The Legend of Zelda: The Wind Waker le dijieron a Link y Tetra que buscaran nuevas tierras y las llamaran Hyrule en honor a esta. Al final las encuentran y crearon un nuevo reino próspero y tranquilo, donde llevaron a todos los habitantes del Gran Mar de Phantom Hourglass. Pero pronto esa felicidad se vió truncada y apareció El Rey de Los Demonios: Mallard. El Nuevo Hyrule se vió infestado de monstruos, y ni siquiera el Héroe de los Vientos pudo vencerle. Entonces los Trenebundos bajaron del cielo para rezar en los altares y detener esta maldición, entonces, los Dioses lucharon contra el maligno y pudieron retenerle, dejándolo en su nueva cárcel: la Torre de los Dioses, sus barrotes: las Vías Sagradas. Ahora, las vías están desapareciendo y los trenes ya no pueden circular, ¿Podrán los Dioses salvarnos, o aparecerá por fin el Héroe Terrenal?
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