El juego comienza en la tranquila villa de Ordon, en donde se muestra a Link como un joven pastor de 17 años. Las primeras experiencias permiten al jugador pastorear a un rebaño de cabras, pescar, rescatar a un gato y comenzar a utilizar la espada. Estas primeras misiones, además de introducir al jugador al mundo de The Legend of Zelda permiten que éste se familiarize con los controles y la mecánica del juego y poco a poco comienza a sumergirlo en una trama compleja e innovadora, destacada por su riqueza narrativa y sus giros argumentales. Un incidente durante el viaje de Link hacia Hyrule lo lleva a conocer el Twilight Realm (Reino del Crepúsculo), un mundo paralelo en el que el tirano Zant planea la conquista del reino de Hyrule, amenazando con terminar con la paz y armonía de la que disfrutan sus habitantes.
Cuando esto ocurre, todo el reino se ve controlado por las fuerzas del mal, donde todas las personas, se convierten en ánimas. Link también se ve afectado, pero no en forma de ánima, sino en forma de lobo. En unas mazmorras, Link (en forma de lobo) conoce a Midna , la princesa del Crepúsculo (cosa que, más tarde Link descubrirá), que es la persona que le ayuda en su camino como héroe. También, al final de la historia, conoce a la princesa Zelda, que presencia la última batalla entre Link y el que iba a ser el futuro rey de Hyrule, el rey de las tinieblas.
Versión Game Cube
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Versión Wii
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