El juego nos sitúa varios cientos de años después de los hechos relatados en The Legend of Zelda: Ocarina of Time. Todo comienza cuando Link, un joven que vive en la apartada Isla Initia con su abuela y su hermana Abril, cumple la edad del Héroe Legendario. Como dice la tradición, todos los niños que llegan a esa edad, deben vestirse con ropas verdes similares a las de aquel héroe para así convertirse en hombres valientes y fuertes como el héroe de la leyenda.
Pero precisamente ese día, un pájaro gigante aparece por Isla Initia dejando caer a una muchacha en el bosque del hada, en la misma isla. Link decide ir a ver lo ocurrido con la espada que le dio Orca y conoce a Tetra, la capitana de un barco pirata. Tras esto, el pájaro gigante vuelve a la carga y, por confusión, secuestra a Abril su hermana. Es así como Link emprende un viaje en busca de su hermana ya que el quiere ir con los piratas a Isla del Diablo. .
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En un principio la historia puede parecer simple: el típico juego de un héroe que tiene que salvar a alguien secuestrado. No obstante, este es tan sólo el inicio de un relato que se complica cada vez más según avanzamos, hasta convertirse en, para muchos, el más complejo episodio de la Leyenda de Zelda, en el más simbólico de todos ellos ya que es el único juego que menciona los hechos relevantes del anterior como la ropajes verdes, la palabra héroe del tiempo, el viaje que hizo en Majora's Mask etc. En realidad todo lo ocurrido es culpa de Ganondorf, el malvado hombre que se había apoderado de la Trifuerza del Poder en Ocarina of Time y que, tras romper el sello en el que estaba encerrado, trata una vez más de
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hacer realidad su obsesión: Gobernar Hyrule.
Cuando Ganondorf volvió de las tinieblas ya que por fin rompió el sello que le dejó el Héroe del Tiempo , habían pasado varios años después de la muerte de el joven Héroe del Tiempo que había salvado el Reino mucho tiempo atrás encerrándolo en el reino sagrado.
Los Hylianos preocupados pero creyendo que volvería el Héroe del Tiempo el nunca volvió y solo le quedaba rezar a las diosas.
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Las Diosas escucharon sus plegarias y enviaron un diluvio que sepultó Hyrule bajo un gran océano y lo sacaron de la corriente del tiempo para que, así, Ganondorf no pudiera conseguir sus propósitos y no profanara su tierra sagrada. Sólo unos pocos afortunados que huyeron a las montañas más altas sobrevivieron a la "Gran Inundación". Esos sobrevivientes pronto comenzaron a rehacer sus vidas en los restos de su antigua tierra, de la que ya sólo quedaban unas pocas islas esparcidas por un inmenso mar. La historia de la majestuosa Hyrule pronto cayó en el olvido y pasó a ser simplemente una leyenda popular más, un cuento para niños en el que nadie creía. No obstante, Ganon conocía la verdad. Sabía que el poder combinado de las tres partes divinas que formaban la Trifuerza le permitiría volver a sacar Hyrule a la superficie para apoderarse de ella, así que, siendo poseedor de la parte del poder de la Trifuerza, comenzó a buscar los dos fragmentos restantes que aún no habían caído en sus
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manos la Trifuerza del Valor y la Trifuerza de la Sabiduría, pertenecientes al héroe legendario y a la princesa del destino (Link y Zelda, respectivamente) que sin duda debían poseer los descendientes de Link y Zelda, que le habían vencido siglos atrás.
Ganondorf, por este motivo, envía a un malvado pájaro gigante a buscar por todo el océano a todas aquellas personas que pudieran ser los portadores de estos dones. (De ahí que intente secuestrar a Tetra, pues se tiene la sospecha de que guarda una importante relación con la leyenda de la Trifuerza.).
Toda esta historia sirve como marco a una aventura de proporciones épicas, extraordinariamente bien escrita, con giros argumentales sorprendentes y con un final que pretende transmitir un mensaje muy importante: Debemos seguir siempre adelante, aceptar las circunstancias que el paso del tiempo trae consigo, por terribles que sean, y no darnos por vencidos. No vivir atados al pasado, pero no olvidarnos de él; mirar cara a cara al futuro y seguir nuestro propio camino con la vista al frente o, como la propia Tetra dice: "levad anclas,
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no toqueis el timón y dejad que nuestro destino lo decida el viento".
El simbolismo de este episodio está latente en todos y cada uno de los personajes, pero principalmente en el del villano, Ganondorf. Por primera vez conocemos las motivaciones por las cuales ha cometido todos los crímenes que carga sobre sus hombros, por primera vez el villano tiene un motivo y hace incluso pensar al jugador que tal vez no sea tan malo después de todo. El monólogo final de este personaje en lo alto de su torre, en los últimos minutos de existencia de la tierra de Hyrule antes de ser arrasada, plantea al jugador la duda acerca de la bondad de las Diosas: ¿Era la solución destruir el precioso reino sólo para que él no gobernara? ¿Ha sido peor el remedio que el problema?.
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Ganon representa en este juego a todas aquellas personas que son incapaces de superar el pasado y de seguir adelante. Vive atado a su obsesión, a la ya desaparecida tierra de Hyrule. Vive única y exclusivamente con la motivación de traer de vuelta el pasado. La batalla final del juego, en la que vemos cómo poco a poco el mar se desploma sobre Hyrule por última vez, es una metáfora en la cual el elemento del mar simboliza el futuro, que va cayendo inexorablemente sobre los personajes. Al final, mientras Link y Zelda consiguen subir a la superficie sanos y salvos, Ganon se queda en el fondo para siempre. Podría decirse que vivía tan atado al pasado que el futuro se le cayó encima.
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